عبد الله بن جعفر پیشنهاد عزل قیس را به على (ع) ارائه داد.نامه قیس نیز که متضمن شرح حال مردم خربتا و خوددارى وى از جنگ با ایشان بود به دست على (ع) رسید.عبد الله بن جعفر گفت: مى‏ترسم قیس با آنان همدست‏باشد.به قیس فرمان بده تا با مردم خربتا بجنگد».على (ع) به قیس فرمان داد که به جنگ اهالى خربتا برود.قیس به آن حضرت پاسخ داد: از این فرمان تو در شگفتم.اینان قومى‏اند که دست از یارى تو کشیده‏اند و آهنگ دشمن تو را دارند و هرگاه بر آنان خشم گیریم آنان با دشمن تو، بر ضدت، همدست مى‏شوند.پس اى امیر مؤمنان نظر مرا بپذیر و از ایشان دست‏بازدار.بهترین کار رها کردن ایشان است.ابن جعفر گفت: اى امیر مؤمنان!محمد بن ابو بکر را بر ولایت مصر بگمار و قیس را از آن منصب بر کنار کن.به من خبر داده‏اند که قیس مى‏گوید: حکومت راست در نمى‏آید مگر با گشتن مسلمة بن مخلد.ابن جعفر از جانب مادر، برادر محمد بن ابو بکر بود و مادر آنان اسماء بنت عمیس نام داشت.على (ع) نیز قیس را از کومت‏برکنار و محمد بن ابو بکر را جاى وى به آن دیار روانه کرد.قیس از این عمل خشمگین شد و به مدینه رفت.حسان بن ثابت که هواخواه عثمان بود، با دیدن قیس وى را ملامت و توبیخ کرد و به او گفت: تو عثمان را کشتى و حال آنکه على تو را از ولایت مصر برکنار کرد و خون عثمان همچنان بر گردن تو باقى ماند و او از رنجهاى تو به خوبى سپاسگزارى نکرد.قیس به او پاسخ داد: اى کور دیده و دل!به خدا قسم اگر میان قوم من و قوم تو جنگى برپا مى‏شد گردنت را به شمشیر مى‏زدم.گم شو.سپس قیس و سهل بن حنیف به جانب على (ع) رفتند و در رکاب آن حضرت در جنگ صفین، حضور یافتند.امیر مؤمنان (ع) همراه محمد بن ابو بکر، نامه‏اى براى مصریان نوشت و در آن محمد و نیز مصریان را مورد خطاب قرار داد.این نامه، نوشته‏اى است طولانى و بسیار گرانبها که شامل سفارشهاى ارزشمند و آداب بس گرانقدر است.ابراهیم مى‏نویسد: محمد بن ابو بکر همواره در این نامه مى‏نگریست و به آداب آن متادب مى‏شد.چون عمرو بن عاص، محمد را به قتل رساند آن نامه را به نزد معاویه فرستاد معاویه در آن نامه مى‏نگریست و در شگفت مى‏شد.ولید بن عقبه به او گفت: فرمان بده تا این سخنان را بسوزانند.معاویه گفت: هرگز چنین نمى‏کنم.ولید گفت: آیا این درست است که مردم بدانند سخنان على (ع) نزد تو باقى مانده و تو آنها را مى‏آموزى؟!معاویه گفت: واى بر تو!آیا دانشى اینچنین را به آتش بکشم.به خداى سوگند دانشى جامع‏تر و حکیمانه‏تر از این نشنیده‏ام.ولید به وى گفت: اگر تو از دانش و داورى على (ع) در شگفت مى‏شوى پس از چه رو با وى به جنگ برمى‏خیزى؟سپس به حاضران در مجلس گفت: ما نمى‏گوییم که این نامه از على بن ابیطالب است‏بلکه مى‏گوییم آن از جمله نوشته‏هاى ابو بکر است که در نزد فرزندش باقى گذارده!

این نامه همواره در خزائن بنى امیه موجود بود تا زمانى که عمر بن عبد العزیز متولى حکومت‏شد و هم او بود که اعلام کرد این نوشته از سخنان و احادیث على بن ابیطالب (ع) است.

محمد بن ابو بکر به معتزلان (کناره گیران) پیغام داد که به اطاعت ما درآیید و یا آنکه از قلمرو ما بیرون روید.آنان پاسخ دادند: ما چنین نکنیم و خواستار مهلت‏شدند. محمد بن ابو بکر از دادن مهلت‏به ایشان خوددارى کرد آنان نیز از پذیرش پیشنهاد محمد امتناع ورزیدند.چون واقعه صفین رخ داد آنان از محمد مى‏گریختند و وقتى على (ع) از جنگ با معاویه بازگشت و کار جنگ به حکمیت واگذار شد آنان در فریفتن محمد طمع کردند. محمد نیز، محمد بن حارث جعفى را به سوى ایشان فرستاد، محمد بن حارث با ایشان نبرد کرد.آنان نیز به رویارویى وى درآمدند و او را از پاى درآوردند.پس از کشته شدن محمد بن حارث، فرد دیگرى از جانب محمد بن ابو بکر مامور جنگ با معتزلان شد که او هم به قتل رسید.

منبع:

http://www.hawzah.net/Per/E/do.asp?a=EACHDAB.htm